あれから、Movable Typeのサポートチームと何度かメールをやりとりしたところ、1)完全バックアップ→復元の過程でエラーが出ることを先方でも確認、2)ブログの複製作業で、いくつかのテンプレートが消滅するエラーが発生、3)手作業での修復を試みたところ、一部復旧するも、データベースの整合性が壊れているらしく、管理画面上でのこれ以上の修復は困難、ということになりました。

とりあえず、新規にブログを作成して、完全バックアップからテンプレートごと復元、ウィジェットセットが復元できていないのを手作業で直して、エクスポートしておいた発言とコメントを流し込み、今の状態となっております。

いろいろ、テストをしてみます。ご迷惑をおかけして申し訳ありません。